В миру — Иван Дмитриевич Касаткин, родился 1 августа 1836 года в селе Березовский погост, Бельского уезда, Смоленской губернии в семье диакона. Окончил Бельское духовное училище и Смоленскую духовную семинарию (1857). В числе лучших учеников был рекомендован в Санкт-Петербургскую духовную академию, где учился до 1860 года, когда, по личному ходатайству митрополита Санкт-Петербургского Григория (Постникова), ему было предоставлено место настоятеля церкви при русском консульстве в городе Хакодате (Япония), а также присвоена учёная степень кандидата богословия без представления соответствующего квалификационного сочинения.

23 июня 1860 года ректором академии епископом Нектарием (Надеждиным) пострижен в монашество с именем в честь святителя Николая Мирликийского. 30 июня рукоположен в иеромонаха.

2 июля 1861 года прибыл в Хакодате. Первые годы своего пребывания в Японии самостоятельно изучал японский язык, культуру и быт японцев.

Первым японцем, обращённым им в православие, несмотря на то, что обращение в христианство было запрещено законом, стал приемный сын синтоистского священнослужителя Такума Савабэ, бывший самурай, принявший крещение в числе двух других японцев весной 1868 года.

За полвека служения в Японии о. Николай покидал её только дважды: в 1869-1870 и в 1879-1880 годах. В 1870 году по его ходатайству была открыта русская духовная миссия в Японии с центром в Токио. 17 марта 1880 года определением Святейшего синода ему указано быть епископом Ревельским, викарием Рижской епархии, с откомандированием в Японию; 30 марта 1880 года в Троицком соборе Александро-Невской лавры хиротонисан во епископа.

В процессе миссионерской деятельности отец Николай перевёл на японский язык Священное Писание, другие богослужебные книги; создал духовную семинарию, шесть духовных училищ для девочек и мальчиков, библиотеку, приют и другие учреждения. Издавал православный журнал «Церковный вестник» на японском языке. Согласно рапорту Святейшему синоду, на конец 1890 года православная церковь в Японии насчитывала 216 общин и в них 18 625 христиан.

8 марта 1891 года был освящён кафедральный Воскресенский собор в Токио, называемый японцами Никорай-до (ニコライ堂).

Во время русско-японской войны остался со своей паствой в Японии, однако в общественных богослужениях участия не принимал, так как, согласно чинопоследованию богослужений (и благословению самого Николая Японского), японские христиане молились о победе своей страны над Россией. «Сегодня по обычаю я служу в соборе, но отныне впредь я уже не буду принимать участия в общественных Богослужениях нашей церкви… Доселе я молился за процветание и мир Японской империи. Ныне же, раз война объявлена между Японией и моей родиной, я, как русский подданный, не могу молиться за победу Японии над моим собственным отечеством. Я также имею обязательства к своей родине и именно поэтому буду счастлив видеть, что вы исполняете долг в отношении к своей стране», — говорил владыка Николай.

Когда в Японию стали прибывать русские пленные (общее их число достигало 73 тыс. человек), епископ Николай с согласия японского правительства образовал Общество духовного утешения военнопленных. Для окормления пленных им были отобраны пятеро священников, владевших русским языком. Пленные снабжались иконами и книгами. Владыка неоднократно обращался к ним и письменно (его самого к пленным не пускали).

24 марта 1906 года возведён в сан архиепископа Токийского и всея Японии. В том же году было основано Киотоское викариатство.

В 1911 году, когда исполнилось полвека миссионерской работы святителя Николая, было уже 266 общин Японской Православной Церкви, в состав которых входило 33 017 православных мирян, 1 архиепископ, 1 епископ, 35 иереев, 6 диаконов, 14 учителей пения, 116 проповедников-катехизаторов. Сам святитель всей своей жизнью являл пример истинного духовного руководителя, всецело преданного своему служению.

3 февраля 1912 года, на 76-м году жизни, просветитель Японии архиепископ Николай мирно отошел ко Господу. После кончины архиепископа Николая японский император Мэйдзи лично дал разрешение на захоронение его останков в пределах города, на кладбище Янака. В Японии святитель Николай почитается как великий праведник и особый молитвенник пред Господом.

10 апреля 1970 года решением Священного синода Московского патриархата причислен к лику святых. Служба ему была написана митрополитом Ленинградским и Новгородским Никодимом (Ротовым) и опубликована в 1978 году.

10 фактов о святителе  Николае Японском

1) Что бы добираться до семинарии губернского города Смоленска, будущему святому пришлось пройти пешком более 150 верст. Иван Касаткин был из духовного сословия,  и был воспитан с верой в то, что должен обязательно следовать пути его отца-священника.

2) Дорога до Японии заняла целый год. Через всю Сибирь святитель проехал в кибитке. «Япония рисовалась в моем воображении как невеста, поджидавшая моего прихода с букетом в руках. Вот пронесется весть о Христе и все обновится…», — вспоминал святитель в своих дневниках.

3) Проповедь христианства в Японии долгое время каралось смертной казнью. «Японцы смотрели на христианство, как на зловредную секту, к которой могут принадлежать только отъявленные злодеи», —  рассказывал архиепископ Николай.

4) Во время занятий японским языком отдыха просили учителя, которых он нанимал по двое и трое одновременно, чтобы они могли сменять друг друга – столь сильным было его рвение поскорее овладеть языком.

5) Изучая культуру Японии, святитель ходил по буддийским и синтоистским храмам, беседовал с местными духовными учителями, изучал литературу. Однажды отец Николай зашел в буддийский храм, гостя стали усаживать, но ни одного стула рядом не оказалось. Тогда ему вежливо предложили сесть на жертвенник, к великому удивлению растерявшегося миссионера.

6) Первого японца отец Николай, несмотря на угрозу смерти, крестил уже через 4 года своего служения. Им стал бывший жрец синтоистского храма. Тот всегда с ненавистью смотрел на иеромонаха Николая, встречаясь с ним в доме консула, и святитель однажды спросил его: «За что ты на меня так сердишься?». Японец ответил: «Ты со своей проповедью больше всех повредишь Японии». «А ты разве знаком с моим учением? Сначала выслушай, а потом суди», предложил монах. Японец смутился и вдруг ответил: «Ну, говори». Вскоре Савабе был крещен с именем Павел и стал первым священником-японцем.

7) Поучая, святитель говорил об очень простых вещах, но всегда зажигал сердца. Земледелец, учитель, воин, купец —   все они необходимы для человечества, — говорил епископ —  всем им быть повелел Господь. Пусть они трудятся в сознании этого, тогда одним исполнением своего служения получат Царство Небесное. Был внимателен к людям, посещал дома, терпеливо и часто подолгу беседовал с язычниками.

8) В течении 30 лет, каждый день, ровно в шесть часов вечера входил в келью отца Николая  его постоянный сотрудник по переводам  Накаи-сан. Он садился рядом с епископом на низенький табурет и начинал писать под диктовку переводы духовных книг на японский язык. Работа продолжалась четыре часа. Откладывалась она только в дни вечерних богослужений и праздников.

9). Святитель был единственным русским человеком в Японии во время войны 1905. Рискуя жизнью он остался с Японской Православной Церковью. Будучи сам горячим патриотом России, епископ Николай ясно понимал, что такой же патриотизм нужен и для Японии, поэтому он настойчиво требовал от своих последователей, чтобы они были верными сынами своей страны. Православным японцам святитель Николай благословил молиться о даровании победы их императору.  Но сам во время войны в общественном богослужении не участвовал —  не мог молиться о победе Японии над его отечеством.

10) С юбилеем служения владыку Николая поздравлял сам губернатор Токио. Владыка согласился торжественно отпраздновать юбилей служения в Японии, зная, что праздник привлечет внимание многих, и это послужит большему распространению Веры Христовой.